Narozen v neevangelickem prostredi (13. 5. 1927 v Parizi) setkava se za gymnazijnich studii l938--l946 v Praze s evangelickymi spoluzaky (L. Hejdanek, P. Jerie), kteri mu zprostredkuji styk s ekumenickym prostredim Akademicke YMCA, jejich debatnich krouzku, jarnich a podzimnich retreatu, zimnich a letnich konferenci. Zde se seznamuje blize se svymi budoucimi uciteli J. L. Hromadkou, J. B. Souckem, B. Komarkovou, J. M. Lochmanem, A. Molnarem, F. M. Dobiasem i Janem Patockou. Ve spolecenstvi mladych lidi, hledajicich hlubsi zivotni orientaci a opravdovost v mezilidskych vztazich, rozhoduje se po dvouapulletem studiu na tehdejsi Vysoke skole obchodni pro evangelicke bohoslovi na fakulte, ktera koncem ctyricatych let nese jeste jmeno Husovo. Zahy se stejne rozhoduje i kolegyne Karla, rozena Schwarzova, s kterou uzavira snatek v r. l950.
K disciplinam, ktere J. S. Trojan studuje nejintenzivneji, patri systematicka theologie a filosofie, zejmena jejich antropologicke aspekty. Uz tehdy ho zajima otazka moci a dejin. Podrobuje analyze otazku historickych zakonitosti u Hegela v rozsahle seminarni praci (127 stran) i v rade studii, publikovanych zejmena v Krestanske revui a jeji Theologicke priloze. Problematika cloveka a dejin se stava predmetem i jeho disertace (Thema: clovek), kterou predklada vedeckemu kolegiu Komenskeho bohoslovecke fakulty koncem sedesatych let. Stava se poslednim doktorandem J. L. Hromadky, ucitele, ktery na jeho bohoslovecke mysleni i rozhodnuti stat se kazatelem Ceskobratrske cirkve evangelicke zapusobil nejsilneji.
Na sboru CCE ve Kdyni na Sumave pracuje po absolutoriu fakulty od r. l956, pote, co musel v letech l951--1953 na tri roky nedobrovolne sve studium prerusit: je povolan k vojenske sluzbe u pomocneho technickeho praporu (PTP) nejprve v Cechach a po dvou mesicich az do konce roku 1953 v Hajnikach u Banske Bystrice. Jde o mimoradnou zkusenost setkani se svetem katolickeho mysleni a postoju: u praporu je jedinym evangelickym theologem mezi sto padesati katolickymi farari a mnichy.
I pri intenzivni kazatelske a pastyrske praci v diaspore prestupoveho sboru na Sumave se snazi vyhradit si chvile k intezivnimu studiu a casopisecke cinnosti. Prispiva do Communia viatorum, v sedesatych letech se objevuji prvni publikace v zahranici (Svycarsko, byv. NDR).
V polovine sedesatych let, kdy se v predvecer Prazskeho jara otvira era dialogu, rozhoduje se J. S. Trojan studovat pri zamestnani socialne ekonomicke otazky na Vysoke skole ekonomicke. Jednim z duvodu je tez nutnost, kterou pocituje vedeni cirkve, prispet vlastnimi stanovisky z pozic evangelia k reseni problemu v teto citlive oblasti, ale zaroven tak cinit poucene a vecne. Trojan zastupuje cirkev na rade konferenci a sympoziich, zejmena v letech l967--l969 (Svycarsko, NSR, Holandsko). Titul inzenyra politicke ekonomie ziskava v roce 1971 po obhajobe diplomove prace na tema Problematika pracovni sily v kontextu hospodarskeho rustu v socialistickem hospodarstvi. I v teto praci je predmetem analyz a zaveru otazka lidstvi a postaveni cloveka v socialne ekonomickych kontextech. Trojan zde zuzitkoval sva theologicka studia. Chape pracovni silu jako bytost, ktera se asymptoticky blizi k univerzalne pojatemu lidstvi, cloveku, jenz presahuje svou faktickou vrazenost do vyrobniho procesu prave diky tomu, ze stoji pod vyzvami, ktere ho k teto transcendenci z duchovniho prostoru moralniho sveta podnecuji.
Svou duchovenskou praci, kterou od r. l966 kona ve sboru CCE Neratovice-Libis, musi z rozhodnuti statnich uradu v r. l974 opustit. Duvod k tomuto bezpravnemu zasahu je nutno hledat patrne v tom, ze J. S. Trojan patri ke skupine Nova orientace, ktera od konce padesatych let vyrazne ovlivnovala zivot cirkve, at uz mame na mysli jeji theologickou orientaci ci prakticke postoje. Druhym duvodem byla patrne okolnost, ze pronesl kazani pri pohrbu Jana Palacha, ktery byl clenem libisskeho sboru.
Od ztraty souhlasu na pocatku roku l974 zustava Trojan jeste ve sboru a pokousi se pokracovat po nejaky cas v duchovenske cinnosti, krome sluzby kazatelske. Od unora l975 se stavaji pomery pod tlakem statni spravy neunosne a je nutno hledat zamestnani v Praze. Nejprve pracuje jako odbytar a potom jako metodik informacni soustavy u firmy Rempo. Po podpisu Charty 1977 je vsak v kvetnu 1977 propusten. Nachazi zamestnani v druzstvu Montaz, kde pusobi ve funkci ekonoma dopravniho zavodu v Michli az do odchodu do duchodu v kvetnu l987.
Po celou dobu znacne zatezujiciho dojizdeni nejprve z Neratovic a pozdeji z Kostelce nad Labem, kde bydli na fare se svou manzelkou, tez kazatelkou CCE, pokracuje ve studiu zejmena systematickych otazek bohosloveckych a problematiky, ktera stoji na pomezi theologie a filosofie. Pise tez radu studii, ktere zarazuje mezi theologicko-ekonomicke manuskripty. Odriznut od veskere cirkevni prace a bez moznosti publikovat doma, snazi se uverejnovat sve clanky a studie v zahranici. Od r. l975 vychazeji jeho prace v Dansku, Finsku, NSR, Svycarsku, Italii, USA, Holandsku.
Vyznamnou etapu v jeho zivote tvori pusobeni v neoficialnich, tzv. bytovych seminarich. Po vice nez deset let organizuje v Praze pravidelne rozhovory zajemcu o theologii. V teto cinnosti spolupracuje se svymi kolegy a prateli L. Hejdankem a M. Balabanem, kteri se venuji filosofii, resp. Staremu zakonu a religionistice.
Po revoluci je na jare v roce l990 povolan na Evangelickou theologickou fakultu UK a zahy se habilituje pro obor theologicke etiky na zaklade spisu Entfremdung und Nachfolge, ktery vysel v r. l980 v Mnichove. Akademickou hodnost profesora v temze oboru ziskava na podzim roku 1991. Dekanem Evangelicke theologicke fakulty UK je poprve zvolen k 1. rijnu 1990, podruhe pak na dalsi tri leta k l. rijnu 1993.
Bibliografie:
Entfremdung und Nachfolge, Chr. Kaiser, Mnichov, 1980,
str. 166
In difesa della politica, CSEO outprints, Bologna,
l981, str. 97
Nepreslechnutelna vyzva, OIKOYMENH, Praha, l989,
(spoluator) str. 55-77, 84-89, uvod a zaver
And the nightingales sing...OIKOYMENH, Praha, 1992,
str. 312
Moc viry a vira v moc, OIKOYMENH, Praha, 1993, str.
167
Moc v dejinach, OIKOYMENH, Praha, l994, str. 202
Tento vyber nezahrnuje dlouhou radu clanku v casopisech doma
i v zahranici (z domacich predevsim KR, ThPr, CV).